自新型冠状病毒（SARS-CoV-2）首次被发现以来，人们一直尝试绘制该病毒的遗传多样性图谱，从而找到攻克新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的方法。近日，国际期刊《柳叶刀》发布的一篇文章表明，实际上SARS-CoV-2已经在进化的过程中露出了“破绽”。
这项由新加坡科学技术研究局、新加坡国家传染病中心以及新加坡国立大学的研究人员共同带来的研究报告提出，在COVID-19大流行早期出现过一种具有382个核苷酸的缺失（Δ382）的SARS-CoV-2变异体（以下简称Δ382变异体），该缺失删除了ORF8的转录调控序列，减少了病毒免疫逃逸的可能性，并降低了促炎性细胞因子的释放。尽管没有影响病毒的传播力，但是却有效降低了SARS-CoV-2的毒性。
doi.org/10.1016/S0140-6736（20）31757-8
此前有研究显示，在2003年SARS爆发早期曾出现过一种含有29个核苷酸缺失（Δ29）的SARS-CoV变异体，并且这种变异导致病毒复制的效率比野生型病毒（wild-typevirus）更低。因此，在这项研究中，研究人员假设Δ382变异体能够引起更轻的临床症状。
2020年1月22日至3月21日之间，研究人员招募了131名COVID-19患者，其中92人只感染了野生型病毒，29人仅感染了Δ382变体，另外10人体内野生型病毒和Δ382变异体并存。
从患者特征及临床表现来看，携带Δ382变体的患者更为年轻，仅1人年龄在65岁以上，并且感染后体温的中位数更低，系统性炎症也更少。
尽管从三组患者的胸部X光片来看，肺炎的发生率相似，但是仅具有Δ382变体的患者中没有出现需要补充氧气的情况，而仅具有野生型病毒的患者中26人需要输氧。在对年龄和合并症进行调整后，研究人员发现仅具有Δ382变体的患者发生缺氧的几率更低。
感染SARS-CoV-2Δ382变异体和/或野生型病毒的患者的人口统计学和临床特征
研究人员使用多重微珠免疫法对可获得的患者血浆样本进行了检测，发现与携带野生型病毒的患者相比，携带?382变体的患者在症状出现后的第8天（中位数）检测到了较高浓度的IFN-γ，这可能介导了针对SARS-CoV-2的快速有效的抗体反应。同时，?382变体携带者体内具有较低浓度的促炎趋化因子CXCL10、CCL2、CCL4以及抗炎细胞因子IL-1RA，表明这些患者的疾病严重程度较轻。
携带野生型病毒和Δ382变体的患者血液中免疫介体浓度
在进一步分析中，研究人员发现，与感染野生型病毒的患者相比，感染?382变体的非肺炎患者T细胞活化相关细胞因子IFN-γ、TNF-α、IL-2和IL-5上调，而与肺损伤相关的生长因子HGF、LIF和VEGF-A则降低。
值得注意的是，研究人员提出，?382变体最早是在由中国武汉去往新加坡的三名中国公民中发现的，并且在早期接受筛查的114名海外感染者中，仅这三人具有?382变异体。
总之，这项研究表明，ORF8的缺失似乎使病毒更加温和，减少了人体内促炎因子的释放。在COVID-19大流行持续发展的今天，这对我们了解SARS-CoV-2病毒学和发病机理，开发出治疗药物和疫苗具有重要意义。
End
参考资料：
[1] Effects of a major deletion in the SARS-CoV-2 genome on the severity of infection and the inflammatory response: an observational cohort study.
